Properties.Settings.Default.Save()の保存場所
Properties.Settings.Default.Save()の保存場所は、c:\ユーザー\「ユーザー名」\AppData\Local\アプリ名の下に各バージョンごとに保存されます。
例としてLLM_Doghouseの色やウィンドウの位置などは画像のように保存されています。LLM_Doghouseの古いバーションの設定値はいらないので消しても問題ないです。

バージョンアップすると設定が元に戻ってしまうのはバージョンごとに保存されているからです。
ちなみに保存しているコードはこんな感じ。
private void WindowSaveSetting()
{
try
{
if (WindowState == WindowState.Maximized)
{
Properties.Settings.Default.Top = RestoreBounds.Top;
Properties.Settings.Default.Left = RestoreBounds.Left;
Properties.Settings.Default.Height = RestoreBounds.Height;
Properties.Settings.Default.Width = RestoreBounds.Width;
Properties.Settings.Default.Maximized = true;
}
else
{
Properties.Settings.Default.Top = this.Top;
Properties.Settings.Default.Left = this.Left;
Properties.Settings.Default.Height = this.Height;
Properties.Settings.Default.Width = this.Width;
Properties.Settings.Default.Maximized = false;
}
Properties.Settings.Default.Save();
}
catch (Exception ex)
{
MessageBox.Show(ex.Message, this.Title, MessageBoxButton.OK, MessageBoxImage.Error);
}
}